乌海市药品监督管理局于2001年10月21日正式组建，
负责全市药品、医疗器械的行政监督和技术监督。2004年9月28日，组建乌海市食品药品监督管理局，增加了对食品安全的综合监督、组织协调、依法组织对重大食品安全事故的查处职能。
乌海市食品药品监督管理局始终坚持“保障人民群众饮食用药安全，促进食品医药经济快速发展，推动食品医药事业不断进步”的工作目标，全面加强机关作风建设，严格依法行政，形成了“求是创新发展、廉洁勤政为民”的乌海食品药品监管精神，拥有一支素质高、业务精、作风硬的优秀执法队伍。建局以来，始终
坚持科学监管理念，保持高压严打态势，不断加大对药品、医疗器械市场监管力度，卓有成效地规范和净化了药械市场，全市食品安全环境明显好转，人民群众饮食用药安全得到有效保障
。
乌海市食品药品监管局先后被自治区食品药品监管局评为实绩突出单位、党建与精神文明建设先进单位；在2003年和2004年先后被自治区局评为抗击非典先进集体、GSP认证工作优秀单位；被乌海市评为民主评议政风行风先进单位、先进基层党组织，连续6年保持市级文明单位称号；2005、2006年连续两年被自治区评为“实施食品放心工程”先进盟市。